Если работник не отчитался за командировку, невозвращенные подотчетные суммы будут облагаться НДФЛ и страховыми взносами (в том числе от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний) только в случае неудержания с него указанных сумм работодателем.
По общему правилу работнику при направлении его в командировку выдается денежный аванс на оплату расходов на проезд и наем жилого помещения и дополнительных расходов, связанных с проживанием вне места постоянного жительства (суточные) (ст. 168 ТК РФ, п. 10 Положения об особенностях направления работников в служебные командировки, утв. Постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749 (далее — Положение)).
Работник по возвращении из командировки обязан представить работодателю в течение трех рабочих дней авансовый отчет об израсходованных в связи с командировкой суммах и произвести окончательный расчет по выданному ему перед отъездом в командировку денежному авансу на командировочные расходы. К авансовому отчету прилагаются документы о найме жилого помещения, фактических расходах на проезд и об иных расходах, связанных с командировкой (п. 26 Положения).
 
Не подлежат налогообложению НДФЛ все виды установленных законодательством РФ, законодательными актами субъектов РФ, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах установленных норм), связанных, в частности, с выполнением физическим лицом трудовых обязанностей, включая направление в служебную командировку (п. 1 ст. 217 НК РФ).
В случае непредставления работником работодателю авансового отчета об израсходованных в связи с командировкой суммах денежные средства, выданные работнику под отчет, не могут рассматриваться как выплаты, произведенные в возмещение командировочных расходов, соответственно, оснований для применения к полученным доходам норм п. 1 ст. 217 НК РФ об освобождении от налогообложения сумм возмещения командировочных расходов не имеется (Письмо Минфина России от 16.12.2019 N 03-04-06/98341).
Следовательно, соответствующие суммы необходимо включить в доход работника, подлежащий налогообложению НДФЛ.
Вместе с тем необходимо учитывать, что положениями НК РФ не установлено правило о том, что несоблюдение работником сроков сдачи авансового отчета по командировке влечет автоматическую переквалификацию суммы выданного аванса в доход, подлежащий налогообложению НДФЛ. Выданные, под отчет суммы на командировку нельзя квалифицировать в качестве экономической выгоды и объекта налогообложения по НДФЛ, поскольку они являются задолженностью работника перед работодателем (ст. ст. 41, 209 НК РФ).
При этом работодатель вправе удержать из заработной платы работника суммы неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой. Работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для погашения задолженности, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания (ст. 137 ТК РФ).
В случае возврата работником полученных под отчет денежных средств доходов, подлежащих налогообложению НДФЛ, у работника возникать не будет.

Информация может быть не полной и/или не актуальной в связи с изменением законодательства