НДС при отгрузке товаров. Компании на упрощенке не должны выставлять счета-фактуры. Но иногда покупатели на общей системе требуют счет-фактуру с НДС, чтобы получить вычет налога. Допустим, вы решили выставить покупателю счет-фактуру с НДС. Тогда перечислите эту сумму налога в бюджет не позднее 25-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором вы составили счет-фактуру (п. 5 ст. 173, п. 4 ст. 174 НК). В эти же сроки сдайте электронную декларацию по НДС. Данные счета-фактуры отразите в разделе 12. Кроме того, заполните титульный лист и раздел 1.
При расчете налога на упрощенке выручку учитывайте за вычетом НДС (п. 1 ст. 346.15 НК).
Агентский налог. Компании на упрощенке должны платить НДС в качестве налоговых агентов. Чаще всего это ситуации, когда компания арендует государственное или муниципальное имущество (п. 3 ст. 161 НК). Или если компания приобретает у иностранного продавца товары, работы или услуги, которые считаются реализованными в РФ (п. 2 ст. 161 НК). Налог нужно удерживать из суммы, которую перечисляете арендодателю или продавцу. Сумму налога определяйте по ставке 20/120. Если товары облагаются по ставке 10 процентов, то налог рассчитывайте по ставке 10/110. Компании на упрощенке не обязаны составлять счета-фактуры. Но в данном случае заполните счет-фактуру, чтобы рассчитать агентский налог.
При аренде или покупке товаров у иностранного продавца налог перечисляйте в бюджет по 1/3 25-го числа каждого месяца следующего квартала (п. 1 ст. 174 НК). При покупке услуг или работ у иностранного продавца перечислите налог в бюджет одновременно с их оплатой (п. 4 ст. 174 НК).
Ввозной НДС. При импорте товаров все компании, в том числе организации на упрощенке, платят ввозной НДС (п. 2 ст. 346.11 НК). Сумму этого налога учитывайте так же, как входной НДС при покупке товаров у российских поставщиков.
Сдавать декларацию по НДС при импорте не нужно. Но если вы ввозите товары из ЕАЭС, направьте в налоговую декларацию по косвенным налогам не позднее 20-го числа месяца, следующего за тем, в котором вы приняли ввезенные товары к учету (приложение № 1 к приказу ФНС от 27.09.2017 № СА-7-3/765).

Информация может быть не полной и/или не актуальной в связи с изменением законодательства