Низкая налоговая нагрузка. Её считают по простой формуле: сумму уплаченных налогов делят на выручку и умножают на 100%. Полученный результат сравнивают со средними показателями по конкретной отрасли. Эти данные в открытом доступе можно найти на сайте налоговой. Если результат заметно ниже среднеотраслевого, то вы на один шаг ближе к налоговой проверке.
       Игнорирование обращений налоговых органов. Если в ходе камеральной проверки налоговая выявит ошибки в отчетности или обнаружит противоречия в представленных документах, она отправляет в компанию запрос. По регламенту ответ или пояснения направляют в надзорный орган в течение 5 рабочих дней.  Если компания не отвечает, возможно, её больше нет. Чтобы выяснить, так ли это, налоговая инициирует выездную проверку.

Неоднократное «перемещение» налогоплательщика между налоговыми органами. Это касается компаний, которые в течение календарного года дважды меняют свое местонахождение. Налоговые органы интерпретируют смену адреса как стремление избежать проверок.

Уровень зарплат сотрудников ниже среднего по отрасли в вашем регионе. Среднеотраслевые данные можно посмотреть на сайте Росстата. Почему этот фактор так важен? Он может означать, что компания платит часть зарплаты в конверте, поэтому экономит на налогах и взносах за сотрудников.

Неоднократное приближение показателей компаний, работающих на спецрежимах, к их предельным значениям. Этот критерий справедлив для компаний и ИП на спецрежимах: УСН и ЕСХН. Если компания в течение года как минимум пару раз приближается к предельным значениям менее чем на 5%, для налоговой это повод присмотреться к деятельности компании. Предельные показатели по спецрежимам УСН  указаны в ст. 346.12, 346.13 и 346.26НКРФ.
        Для УСН «Доходы минус расходы» и ОСНО

Отражение в отчетности убытков в течение нескольких налоговых периодов. Критический показатель — два и более календарных лет. У надзорного органа может сложиться впечатление, что это делается искусственно, чтобы обойтись без уплаты налогов. 

Суммы расходов практически равны суммам доходов, полученным за календарный год. Это пункт касается индивидуальных предпринимателей. Если сумма расходов максимально приближается к суммам доходов, у налоговиков есть все основания полагать, что предприниматель подгоняет сумму для снижения величины налога. 

Для плательщиков НДС

Отражение в отчетности значительных сумм налоговых вычетов по НДС. По этому критерию проверяются компании, работающие на общей системе налогообложения (ОСНО). Иногда предприниматели злоупотребляют фиктивными сделками с поставщиками товаров и услуг ради увеличения размера вычета. Тревожный показатель — 89% и более, у налоговой есть все основания для начала проверки.

Построение деятельности через заключение договоров с цепочкой контрагентов без наличия разумных экономических или иных причин. Иначе говоря, компания, работающая в цепочке поставщиков-покупателей, связанных между собой, и проводящая достаточно крупные суммы денег имеет все признаки компании-однодневки. Подробнее они перечислены в Постановлении пленума Высшего арбитражного суда России от 12.10.2006 №53.

 Ведение деятельности с высокими налоговыми рисками. Налоговая разделяет плательщиков на три категории: с низкими, средними и высокими рисками. Высокий риск означает, что компания похожа на однодневку: возможно, она участвует в схемах по уменьшению НДС.
        Иметь дело с проблемными контрагентами — тоже плохо. Налоговая будет подозревать, что вы участвуете в схемах. Поэтому проверяйте компанию перед тем, как заключать сделку.

Информация может быть не полной и/или не актуальной в связи с изменением законодательства